சுமார் 600 வருடங்களுக்கு முன், இராமநாதபுரம் விஜயன் சேதுபதி மன்னருக்கு ஏற்பட்ட பெரு வியாதியை தீர்த்து வைத்ததினால் குருந்த மரத்தடியில் வழிபட்டு வந்த ஐயனாருக்கு கோயில் கட்டியதாக வரலாறு. இத்திருக்கோயில் 16ம் நூற்றாண்டில் புதுக்கோட்டையை ஆண்ட தொண்டைமான் மன்னரது கல்வெட்டொன்று காணப்படுகின்றது. குழந்தை வரம் வேண்டுவோர் இத்திருக்கோயிலுக்கு வந்து முறைப்படி பூஜை செய்து வழிபட்டால் குழந்தைப்பேறு கிட்டும் என்று நம்பப்படுகிறது. கண்ணன் என்னும் பக்தனுக்காக குடிகொண்ட சாஸ்தார் ஐயனார் கோயிலுக்கு மனோ வியாதிகள், ஏவல், பில்லி, சூன்யங்களால் பீடிக்கப்பட்டவர்கள் இத்திருக்கோயிலுக்கு 7 நாள் முதல் ஒரு மண்டலம் வரை தங்கியிருந்து திருக்குளத்தில் நீராடி ஐயனாரை வழிபட்டால் நற்சுகம் அடையலாம் என்பது சிறப்பு.